药垛水分分布不均是因为多方面因素造成的。就每一种药材来讲，各个组织部分的含水量是不均匀的，药材的大小、形态及老嫩不同，吸收水分的能力也有不同。同一垛内的药材如有上述情况，再加上仓库空气温、湿度以及仓库条件的影响等因素，药垛各部位的水分并不完全一致，其平均值并不完全说明药垛各处是否符合安全储存的要求。药垛中水分高的部位，首先给微生物和仓虫的繁殖提供了有利条件。因此在养护工作中，应注意以下几种情况。
一、药垛表层的吸湿与散湿
药垛表层的水分能随空气相对湿度的变化而变化，根据这一规律，在外界高温高湿的时候，做好仓库密闭工作，以防止吸湿。在外界低温低湿的时候，可以进行通风除湿。
二、药垛内空气对流中的水分转移
药材水分因随冷、热空气对流而移动是引起药垛水分变化的基本原因之一。药垛内热空气因比重轻而上升，水汽也随之上升，至表面遇冷，达到饱和状态而结露，于是表层药材水分增加，这种情况在秋冬季节易发生，虽然情形并不一定十分明显。
三、药垛内的水分热扩散
药垛内发生的湿热扩散现象，是造成药垛部分水分转移和局部水分增高的又一重要原因。药垛内的温度是不均匀的，经常存在着温差。药垛水分按照热传递的方向移动的现象，即垛内水汽从温暖部位向冷凉部位移动的现象，称为水分热扩散。因为水汽压力大的高温部位的水汽分子，总是向水汽压力小的低温部位扩散运动，导致低温部位药材分子水分增加。这种现象常常发生在仓库的不通风和阴暗处，以及药垛的底部。药垛中冷、热的温差越大，时间越长；湿热扩散就越严重，影响药材的储藏安全。所以，仓库要定期翻堆倒垛，并适时采取通风、去湿、摊晒等措施。
四、药垛水分的再分配
药垛水分再分配，是在吸附作用基础上发生的一种吸附平衡现象，也能使药垛原来的水分情况发生变化。当高水分和低水分的药材堆放在一起时，高水分药材解吸水汽，降低了水分，并在药垛间隙中形成高湿度，使低水分药材吸附水汽而增加水分，使药材水分能通过水汽的解吸与吸附作用而转移，并达到相对平衡。这一规律叫做水分再分配。因此，干湿不均的药材必须分开堆放，避免干燥的药材受潮。