分类检查要逐货位、逐品种进行，首先检视仓间环境和药材垛表面。在药材垛深部缝隙间的蜘蛛网上，常粘着有个体较小的仓虫，药材垛地面四周的粉尘碎屑中常有仓虫藏匿活动，用力敲打垛体下层和背光下角，有时会有蛀粉或仓虫落下。
在仓间环境中，一般蛾类成虫在明亮处善飞，在阴暗处喜落，这是交配前的寻偶活动。如果某药材垛四周蛾类成虫密集，应一代只需30天左右，一年可发生4~6代。在发现蛾类成虫后的一个月内，要注意检查幼虫的踪迹。蛾类幼虫常在药材垛表面吐丝，形成一层丝状薄膜，春、秋两季要注意垛体中上部及垛顶表面的检查，这是由于库温高低差别的缘故。
甲虫类仓虫多喜阴暗，常在药材垛下层或背光处匿藏。一般黑皮囊喜在药材垛表面进行交配产卵活动，竹囊常钻蛀竹制包装，形成许多孔洞和蛀粉，天牛为害时，将耳紧靠药材垛，可听到天牛咀嚼药材的咔咔声等。
仓间环境检查，为判断药材内部生虫情况提供了参考依据，也为实施环境清洁提供了依据。